Има два източника на молибден в околната среда

(1) Изветрянето отделя молибден от скалите. Изчислено е, че 1,000 тона от него навлиза във водни тела и почви всяка година и мигрира през околната среда. Неравномерното разпределение на молибден причинява "заболявания на почвата и водата" в някои райони поради липса на молибден и "заболявания от подагра" (напр. Армения) в някои райони поради високо съдържание на молибден.
(ii) По-широкото приложение на молибден в човешките дейности и изгарянето на съдържащи молибден изкопаеми горива (напр. въглища) са увеличили количеството молибден, циркулиращ в околната среда. Световното производство на молибден е 100,000 тона годишно, а 800 тона молибден се изгарят и освобождават в околната среда всяка година. Количеството молибден, добавено към цикъла от човешка дейност, надхвърля естествения цикъл. Индустриите, които използват най-много молибден, са металургията, електрониката, ракетите и космоса, атомната енергия, химията и селското стопанство. Замърсяването с молибден не е достатъчно проучено.

Преносът на молибден в околната среда е свързан с окислителните и редукционните условия, киселинността и алкалността на средата и влиянието на други среди. Колкото по-окислителни и алкални са водата и почвата, толкова по-лесно е молибденът да образува MoO йони; растенията могат да поемат молибден в това състояние. Киселинността на околната среда се увеличава или редуцируемостта се увеличава, молибденът лесно се превръща в сложни йони и в крайна сметка образува MoO; това състояние на молибдена лесно се фиксира от глинести и почвени колоиди и хуминова киселина и става неактивно и не може да се абсорбира от растенията. В океана, редуциращата среда на дълбокото море кара молибденът да се адсорбира от органични вещества и след това да се увие в колоиди, съдържащи манган, като в крайна сметка образува нодули, които потъват на дъното на морето и се отстраняват от цикъла на биосферата.
Молибденът има слабо въздействие върху топлокръвните животни и рибите. Високите нива на молибден имат отрицателно въздействие върху растенията, тестовете показват, че: концентрация на молибден от 0.5 ~ 100 mg / литър, когато растежът на лена ще има различна степен на въздействие; 10 ~ 20 mg / литър, когато растежът на соевите зърна има вреден ефект; 25 ~ 35 mg / литър, когато растежът на памука е леко вреден; 40 mg / литър, когато растежът на захарно цвекло има вреден ефект. Когато концентрацията на молибден във водата достигне 5 mg/l, биологичното самопречистване на водата ще бъде инхибирано; когато 10 mg/l, този ефект ще бъде потиснат още повече и водата има силен стипчив вкус; при 100 mg/l микробният растеж на водното тяло се забавя и водата има горчив вкус. Китай постановява, че максимално допустимата концентрация на молибден в подпочвените води е 0,5 mg/l, максимално допустимата концентрация на разтворим молибден във въздуха на цеха е 4 mg/m3; а неразтворимият молибден е 6 mg/m3.